Menurut cerita para sesepuh desa, bahwa pada jaman dahulu ada pohon yang sangat besar, pohon tersebut adalah pohon cendana, sehingga diberilah nama Desa Cendana. Orang yang pertama kali tinggal di Desa Cendana adalah Kyai Nayangkara. Sedangkan orang yang pertama kali menyebarkan agama Islam di Desa Cendana adalah Kyai Baginda Ali.

Kemudian para sesepuh desa menuturkan bahwa pada jaman dahulu di Desa Cendana ada sebuah bintang (jawa = lintang) yang jatuh dari langit. Pada saat bintang tersebut jatuh dari langit, ada seekor harimau putih yang berada di Watumong Dukuh Sidengen (wilayah atas Desa Cendana). Harimau tersebut mengejar bintang yang jatuh dan akan dilahap (jawa=diuntal). Harimau itu lari dari Watumong mengejar bintang yang jatuh tersebut sesampainya di pertengahan jalan bintangnya sudah setanah (sampai tanah) sehingga tempat tersebut dinamai Dukuh Setana.

Pada kenyataannya bintangnya itu jatuh di bawah Dukuh Setana, maka tempat jatuhnya bintang (jawa = lintangtiba) maka daerah tersebut dinamai Dukuh Lintangtiba. Tempat bekas jatuhnya bintang tersebut dinamai Kepunden Pring Sedapur, dinamai seperti itu karena tanah yang tertimpa jatuhnya bintang jadi berlubang, para warga masyarakat berusaha menggapai lubang tersebut dengan cara menjulurkan bambu yang disambung menyambung hingga habis bambu satu rumpun (jawa = sedapur) tidak sampai ke ujung lubang tersebut.

Pada saat yang bersamaan ketika terjadinya bintang jatuh, dari wilayah bawah (dari Dukuh Cendana) Kyai Baginda Ali juga mengejar jatuhnya bintang tersebut. Setelah Kyai Baginda Ali meninggal dunia dimakamkan di Kepunden Pring Sedapur saat ini tempat tersebut dinamakan Padepokan Baginda Ali (Nisan Kyai Baginda Ali).

Selanjutnya gambaran tentang sejarah Kepemimpinan Desa Cendana dalam masa ke masa :